为适应国家和四川省大力发展电子商务和现代物流产业对人才的迫切需求，学校整合学科和专业的优势资源，于2013年5月成立了物流学院。学院现有教职工60余人，在读本硕学生近1500人。设有电子商务、物流管理、物流工程、工程管理和信息管理与信息系统、供应链管理等6个本科专业，及管理科学与工程、农业管理两个硕士学位授权点。电子商务专业是四川省成立最早的电子商务本科专业和国家级特色专业，2019年被评为国家首批一流本科专业。学院建有电子商务、物流和信息管理与信息系统实验室、四川省电子商务与现代物流研究中心和青白江现代物流研究院，武侯电子商务产业研究院、双流跨境贸易产业生态研究院。
